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程新竹的呼吸急促起来,她看着林允宁,像在看一个怪物,“你这个想法......简直是疯了!你把物理学的信息论,用到了蛋白质折叠上?”
“为什么不呢?”
"......"
程新竹激动得说不出话,她站起身,在长椅前焦躁地来回踱步,嘴里不停地念叨着,“构象反向传播......最大似然路径......天啊,如果这个能成......”
周围路过的几个学生,都用看神经病一样的眼神看着这两个在长椅前手舞足蹈,嘴里念叨着无人能懂的词汇的亚裔年轻人。
最终,程新竹停下脚步,猛地转过身,双手抓住林允宁的肩膀,用力晃了晃。
“走!现在就去干!”
两人分开后,林允宁直接去了克雷勒图书馆。
他在三楼找了个僻静的角落,把笔记本电脑接上电源。
桌子上,摊开着两本书。
一本是《nucky的《rheory,ference,ndlernglgorith》。
他戴上耳机,隔绝了周围的一切声音,开始将脑中那个疯狂的想法,翻译成一行行冰冷、精确的代码。
他没有从头造轮子,而是将之前为ether开发的贝叶斯推断框架,进行了一次彻底的升级,将目标从“参数估计”,转向了“路径搜索”。
两天后,算法原型完成。
周五晚上,i-hoe的大厅。
林允宁和程新竹并排坐在那台嗡嗡作响的笔记本电脑前,神情专注。
“就用一千张图先试试,”
程新竹显得有些紧张,双手合十放在胸前,像是在祈祷,“要是这个再失败,我真的不知道该怎么办了。”
“不会的。”
林允宁的语
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</div>< "https:">提供的《学霸的模拟器系统》 第140章 积分、反演与迷宫的出口（求订阅求月票）(第2/2页)
气很平静,他打开终端,敲下了一行命令:
pythonpi--rd
按下回车。
笔记本的风扇开始发出微弱的嗡鸣声,屏幕上,进度条缓慢地向前移动。
时间一分一秒地过去。
程新竹紧张得不停地咬着自己的手指甲,眼睛死死盯着屏幕。
几个小时后,当时钟指向凌晨一点,进度条终于走到了100。
一个lib绘图窗口,自动弹了出来。
窗口的背景是黑色的,上面散落着上千个白色的数据点,像一片杂乱的星空。
每一个点,都代表着一种蛋白质的“幽灵构象”。
程新竹屏住了呼吸。
下一秒,一条红色的细线,毫无征兆地出现在屏幕上。
它像一个技术高超的画师,灵巧地穿梭在那片星空中,将一个个看似毫无关联的、孤立的数据点,优雅地串联了起来。
最终,形成了一条平滑、连续、符合能量梯度下降的轨迹。
“成功了......”
程新竹捂住嘴,声音里带着一丝颤音。
那条红色的轨迹,就是他们梦寐以求的,蛋白质错误折叠的路径!
“等等,”
林允宁没有庆祝,他指着屏幕上那条轨迹的中间某个位置,“你看这里。”
他将那部分区域放大。
只见在那段平滑的轨迹上,有一个极其突兀的“尖峰”。
“这是什么?”
程新竹凑了过去。
“能量势垒。”
林允宁调出了轨迹对应的能量变化曲线,“蛋白质在折叠到这里时,需要克服一个巨大的能量障碍才能继续往下走。
“换句话说,这是一个能量极不稳定的‘过渡态’结构。”
他敲了几个命令,将这个过渡态对应的三维结构单独渲染了出来。
屏幕上,一个由无数原子构成的、结构极其扭曲的蛋白质模型,静静地悬浮着。
程新竹看着那个模型,呼吸猛地一滞。
“等等......这个形状......折叠片在这里发生了致命的错位......它就像一个结构上的“瓶颈''!”
她猛地抬起头,看着林允宁,眼神里爆发出难以置信的狂喜。
“它就是那个中间体,药物设计的完美靶点!”
林允宁冷静地看着屏幕,点了点头。
“而且,”
他指着能量曲线上另外几个稍小的尖峰,“很可能不只一个。”
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