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太快了,不是说好了让我说话,你们尽量少发言的么?”
“抱歉,不过只是找到靶点的话,一个月足够了,我对算法本身很有信心。”
林允宁的回答没有任何犹豫。
雪若无奈地摇了摇头:
“好吧,那现在怎么安排?”
“兵分两路。”
林允宁已经冷静地做出了规划。
他看着程新竹:
“辉瑞的考题,你来主攻。你是生物医学的专家,熟悉药物分子的各种性质。我会把ether算法的源代码权限全部开放给你,你需要什么功能,随时跟我说。”
他又转向方雪若:
“公司的法律和件,还得你来处理。”
“那你呢?”
程新竹问,“那你干什么?”
“我必须尽快完成ether_struch的开发。”
林允宁的眼神很深邃,“反向传播算法,只是一个开始。只是找到蛋白质的“靶点”,还远远不够。想要真正解决这类神经退行疾病,我们还是需要一个小分子药物筛选平台。”
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</div>< "https:">提供的《学霸的模拟器系统》 第163章 辉瑞的赌局（求订阅求月票）(第2/2页)
接下来的几天,两人兵分两路。
程新竹一头扎进了辉瑞发来的、高达几十g的加密数据包里,每天都待在医学院的图书馆,啃着那些她从未接触过的激酶家族的文献。
而林允宁,则正式启动了ether_struch项目。
然后,他立刻撞上了那堵最厚、也最硬的墙。
数据的荒原。
“不行,完全不够。”
林允宁看着程新竹整理出来的数据库列表,摇了摇头。
程新竹已经尽了最大努力,她几乎翻遍了全世界所有公开的蛋白质数据库,最终找到了三千一百二十七个带有小分子配体的、高质量的蛋白质复合物结构。
“三千多个还不够?”
程新竹有些沮丧,“这已经是我能找到的全部了。”
“训练一个工业级别的图像识别模型,需要上百万张猫和狗的照片,”
林允宁的逻辑很清晰,“我们现在要训练一个能识别‘分子形状”的模型,三千个样本,连让i“认字’都不够,更别说让它‘阅读理解''了。”
他指着屏幕上的数据
“而且这里面还有严重的偏见。被发表出来的,都是结合得很好的‘成功案例”。我们根本没有''失败案例”的数据。这就好比你只教一个孩子看100分的卷子,却指望他能考及格。”
程新竹彻底没辙了,她抱着自己的脑袋,苦恼地说:
“那怎么办?总不能让我们自己去做几百万次实验吧?那得做到下个世纪了。”
办公室里再次陷入了沉默。
窗外,芝加哥的天空阴沉得像是要下雪。
林允宁没有说话,他走到办公室的白板前,站了很久。
他脑子里,闪过的是他那个“信息几何学”的数值引擎,闪过的是那个可以从无到有,凭空“创世”的并行算法。
一个疯狂的想法,在他脑中闪过。
他转过身,看着一脸愁容的程新竹,忽然开口。
“我们不找数据了。”
他的声音不大,却让程新竹猛地抬起头。
“我们自己造。”
程新竹愣住了,她怀疑自己听错了。
“造......数据?”
“对。”
林允宁拿起笔,在白板上写下了一个标题??“虚拟化学宇宙生成计划”。
“既然现实世界的数据不够,那我们就用第一性原理,自己创造一个虚拟的化学宇宙。”
他看着目瞪口呆的程新竹,飞快地解释着自己的构想。
“我们可以利用已知的分子力场和溶剂化模型,编写一个程序。这个程序可以随机生成符合化学规则的小分子,再把它们随机地‘扔’到蛋白质的活性位点附近,然后用蒙特卡洛算法,模拟它们之间所有可能的结合构象,计算
出每一个构象的结合能。”
“我们可以生成一百万、一千万,甚至一亿个这样的虚拟样本。这里面,有结合得很好的‘成功案例”,也有完全不匹配的‘失败案例”。这是一个完美的、没有偏见的,我们想要多大就有多大的训练集。”
程新竹听得下巴都快掉下来了。
她张了张嘴,半天才找回自己的声音,问出了那个最核心的问题。
“这......这生成的‘假数据......能有用吗?”
林允宁看着她,眼神平静而笃定。
“只要它的统计规律和真实世界一致,对i来说,它就是真实的。”
圣诞节的脚步越来越近。
芝加哥终于飘起了今年的第一场雪。
林允宁刚走出办公室,口袋里的手机就震动了一下。
是一条短信,来自沈知夏
“我妈最近精神很好,她一直念叨你小时候的事。平安夜记得叫上朋友们,过来一起包饺子。
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